Das neue Gebäudeensemble befindet sich auf der gegenüberliegenden Straßenseite und umfasst drei geneigte Kuben. Die Figur des Kubus variiert ein Thema, das sich auch im Garten des Exils und im Glashof des Museums wiederfindet. Daniel Libeskind entwickelt die Akademie damit im Kontext und in der Formensprache der bisherigen Architektur.
Der erste Kubus, der den Eingang zur Akademie bildet, durchdringt die Fassade des Gebäudes und schafft ein Pendant zum Haupteingang des Jüdischen Museums Berlin im Kollegienhaus und zum Kopf des Libeskind-Baus auf der gegenüberliegenden Seite der Lindenstraße. In ihn sind Oberlichter in Form der ersten beiden Buchstaben des hebräischen Alphabets, Alef und Bet, eingelassen, die auf die Bildungs- und Forschungsarbeiten an diesem Ort verweisen. Im Gebäudeinneren beherbergen zwei weitere gegeneinander geneigte Kuben das Auditorium und die Bibliothek. Die Kuben, die mit Holz verkleidet sind, erinnern einerseits an Transportkisten, andererseits an die Arche Noah. Sie symbolisieren die Überlieferung der Vermächtnisse, die dem Jüdischen Museum Berlin aus aller Welt zugehen, und die in der Akademie bewahrt und einer breiten Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Zwischen den drei Kuben existiert ein spannungsvoller Raum, der vielfältige Blicke ins Innere sowie auf den zukünftigen Stadtplatz im Außenbereich erlaubt. Diese »Zwischenräume« verbinden den Eric F. Ross Bau und die ehemalige Blumengroßmarkthalle mit dem Kollegienhaus und dessen Glashof sowie dem bisherigen Libeskind-Bau.
